原作者不明,抱歉
[基本操作]
A键：跳跃
B键：主武器攻击
B键按住：主武器蓄力攻击
L键：冲刺（配合方向键可）
L键+A键：大跳跃（墙壁上可）
R键+B键：副武器攻击
R键+B键按住：副武器蓄力攻击
技能解说：（左至右的顺序）
zero的技能是依靠通关后的评价而获得的，所以尽量将评价保持在A级或以上，否则有可能无法获得某些技能。
1、枪械蓄力攻击，子弹遇障碍物会反弹
2、附加雷电属性的枪械攻击，子弹会分散（蓄力可）
3、附加炎属性的枪械蓄力攻击，击中敌人后会产生爆炸
4、附加冰属性的枪械蓄力攻击，空中会结集三股冰凌
5、冲刺动作中的光剑攻击，短时间内可对敌人造成三段伤害（用这个扎一下BOSS大约是半行的HP）
6、光剑装备时，跳跃或空中下落时↓+攻击
7、光剑装备时，↑+攻击
8、光剑装备时，↓+攻击
9、冲击护棍装备时，连续攻击
10、冲击护棍装备时，↑+蓄力攻击
11、盾牌装备时，地形倾斜时的蓄力攻击（好似溜溜球）
12、盾牌装备时，↓+蓄力攻击
装备解说：（左至右的顺序）
zero的装备是依靠在游戏中获取磁碟而来的，所以在通关的同时也要留意磁碟的所在。
头盔类
1、缩短蓄力时间
2、自动蓄力
3、不动的状态下逐渐恢复HP
4、初期装备
盔甲类
1、间小受攻击时的硬直
2、不受地形限制（针对橡胶、流沙和踩踏后会塌陷的地段）
3、初期装备
4、武器附加雷电属性
5、武器附加冰属性
6、武器附加炎属性
靴子类
1、冲刺时会无视小体形敌人和子弹、飞弹等攻击方式的判定
2、2段跳
3、可在水面上跳跃
4、初期装备
5、拥有全部能力的靴子
6、延长趴墙时下落的时间
7、在冰面上不会打滑
8、移动速度UP
本作为[rockman zero]系列的第三部，而前两部也均登陆在GBA平台上。相信很多该系列游戏玩家都沉醉于zero挥剑砍杀时所带来的爽快感，而战斗系统也是一作比一作更加趋于简单人性化，比如本作就取消了武器升级系统，游戏开始武器便处于最佳状态，另外将装备分为头部、身体和足部也是本作才开始的新颖设定，装备的数量与多彩化是前两作所无法比拟的。剧情方面，为了照顾初次接触本系列的玩家朋友，在正式攻略开始前占用少量篇幅给以介绍。
[rockman zero]
在一次逃避新arcadia军队追击的途中，隶属反抗组织的科学家希艾尔找到了传说中的人造人英雄--zero并利用电子妖精的力量成功唤醒了沉睡已久的他。苏醒后的zero已经将之前发生的事情忘得一干二净，甚至不记得自己的名字，唯一记得的只有杀戮的手法。面对铺天盖地而来的人造军队，以及新arcadia的首领--复制版X，zero不得不成为反抗组织的战力。人类的希望再次寄托于这位传说的英雄身上，又一个崭新的传说即将开始。
[rockman zero2]
复制X倒在zero剑下的那一刻起，人类真正摆脱了来自新arcadia的恐惧，反抗组织也成为了一股强大的军事力量，但与此同时，能源的严重不足又成为了新的威胁。为了使人类能够生存于越发严酷的环境下，希艾尔全力致力于新能源的开发研究，反抗组织的领导权则完全交给了司令官--艾尔匹斯，身为人类的他却对力量有着极度过分的崇拜，最终导致了拥有毁灭世界之力的暗妖精苏醒。失去自我的艾尔匹斯成为了暗妖精的宿体，zero不得不再一次立剑于曾经的战友面前。
宿体的死亡并不能代表危机的结束，为了寻找上次大战中行方不明的暗妖精，时隔两个月，反抗组织再一次踏上战斗的旅程，在追寻的过程中，zero同样发现了新arcadia军的身影。
MISSION 序章
一次追查暗妖精的作战中，zero一行人来到了冰天雪地的极寒地带，新arcadia的警戒线处，zero为了确保希艾尔等人的安全，决定独自行动。
本关属于新人练手的训练关，从敌人和地形来说都没有什么难度，唯一比较难缠的敌人会于雪地中高速移动，保险的方法就是原地不动，待其钻出雪地便一剑砍掉。
跟随基地深处传来的隆隆声，zero在最深处见到了新arcadia中“四天王”的2位成员，而二人的处境仿佛并不乐观，一尊巨大的人造机械矗立在他们面前……
BOSS战 战斗人形オメガ
本关BOSS的攻击模式非常简单， BOSS头部释放的能量球都是三颗一组，攻击判定不是从远到近就是从近到远，而当其双手开始释放光圈时，建议各位玩家将注意力集中在停留于画面右侧的那只手上，低位置的攻击可以用普通跳跃躲避，而稍微高一些的则用冲刺闪避既可。
Zero强烈的攻击也只是让这庞大的机甲暂时停止了机能而已，僵持中，新arcadia的另一成员哈尔比亚（ハルピュイア）赶到，但还好不是为了与zero交战而来，其目的同样在于将这巨大的人造机械清理出工厂。谈话间，一个自称为巴依鲁（バイル）博士且拥有华丽的三角状脑袋的怪人出现，并声称是他回收了这款战斗机械--奥米加（オメガ）。这位在100前就被新arcadia流放的人对眼前的zero等人的情况了如指掌，而更令人难以置信的是，巴依鲁还使被zero击败的复制X复活。
复制X似乎并没有将zero放在眼里，其现在的精力完全投入在暗妖精的回收与奥米加身上，如果同时拥有这两者，灭绝人类的计划可以轻易实现。而至于反抗组织也在寻找暗妖精一事，复制X很兴奋地视之为一场竞赛，还很孩子气地说出：下次我绝对不会失手，因为我才是传说中的英雄。这样的话来，玩过第一作的玩家朋友肯定会起疑虑，真正的复制X并不是会像三流热血动画中反面人物一样，说出那么没水平的台词来的，所以不是其被巴依鲁操纵了就是复活后智商受到了严重的影响。
暗妖精的下落还没有任何头绪，现在又多出了复制X和奥米加这样的强敌，看来这次与新arcadia的战斗在所难免，巴依鲁临走时抛下了令zero很费解的话：“看你能用那身体支持多久……”莫非巴依鲁掌握着zero所失去的记忆？来不及多想，传送装置已经将迷惑中的英雄送回了反抗组织本部。
回到希艾尔身边后，大家制定出了初步的作战计划，奥米加成为新arcadia的战力已经成为不可扭转的事实，现在唯一的不确定因素在于暗妖精。程序开始检索所有暗妖精可能会出现的场所，利用这点时间可以在基地好好转转。最上层的了望台外可以找到磁碟，第五层是了望台入口，第四层右侧有CMD字样的房间为总控制室，室内与希艾尔对话可以记录或读取进度，控制室右侧的房间内经过对话可以得到磁碟，而塞尔文（セルヴォ）博士的房间位于控制室右，现在去找他可以得到两样新武器--回旋盾（シ?ルドブ?メラン）和冲击护棍（リコイルロッド）。下面楼层多是些房间，虽然与剧情没有直接关系，但建议没事的时候进行一次搜索。
与塞尔文博士对话后，控制室便会呼叫zero，系统的分析似乎已经结束，在控制室接受任务前一定要确定是否记录。（此时的4个任务可以自由选择，没有难度差异，笔者按照右至左的顺序进行攻略）
MISSION アクニス火山基地
作战内容 针对新arcadia战力探察
战斗开始时，通讯方面会告知zero基地内有大量能源反应，推测为巨大化的导弹，而该基地则有可能是新arcadia制造导弹的工厂。
本关初对于玩家最大的威胁是火山喷发后造成的石块，在躲避的同时还要顾及前方炮台的威胁，这里推荐大家对炮台使用蓄力攻击。此后则需要大家借助岩浆间歇的喷发来跳跃，唯一需要注意的是最后一个平台上不可停留太久，否则会被一击必杀。进入工厂后则由巨大的工业垃圾代替成为垫脚石，利用大跳跃可轻松通过。而比较麻烦的是BOSS战前面那段斜坡状的岩浆地带，在断口处跳跃时，一定不要跳在已经落入沿江中的垃圾上，而要选择其后面刚刚落下的那一块来踮脚。
另外，各位还可以利用冲击护棍的蓄力攻击推开障碍，还有一种背面有护甲的火焰喷射器，用蓄力攻击可将起打至反转，相当方便。
BOSS 曼佗罗火碎龙ブレイジン@フリザ?ド
本关BOSS的攻击硬直时间比较长，相反其招数之间的间隔将当短，所以建议各位抓住其攻击时候的破绽进行还击。BOSS攻击方式主要有三种，飞行道具，火焰喷射和火焰旋转喷发。见其跳跃到画面正中心且面向画面的时候肯定是要释放火焰旋转喷发，大家可以趴在墙壁上，利用短暂的下滑时间来躲避该攻击，飞行道具的速度比较快，所以只有提前站到死角中去，若BOSS在版边角落使用，那么对面的角落则成为死角，如果在画面系统屏蔽部分的话，画面角落的上方为死角。火焰喷射的速度较慢，爬墙躲避最佳，还可以在墙壁上用大跳跃移动至BOSS身后，BOSS的尾巴是可以砍掉的，不过很快会再生，有兴趣的玩家可以数数本关系统屏蔽砍掉多少条尾巴。作战成功，回到总部后由希艾尔那里得知，本次作战虽然无法阻止新arcadia的导弹量产，但是大大减缓了其制造速度。
MISSION 海上公路遗迹
作战内容 该遗址产生暗妖精能量反应
确认暗妖精的能量反应后，新arcadia也派遣了部队来此地段回收，在出发点，zero遇到了一只兔子状的人造人，没说上两句，对方便跳进潜水艇内。此时接到希艾尔的通讯，告知zero海底有使水位下挫的开关，可以通过改变水位来阻断那台潜水艇的进路，本关唯一的难点是在于如何才能抢在敌人前面踩下开关，如果晚到一步的话开关会被潜水艇破坏。但事实上无论是否按下开关，潜水艇照样会到达目的地，不同的是BOSS战时是否会处于水中。所以建议初次攻略该关卡的玩家不用太在意，不如跟在潜水艇后面，考察清楚开关的位置，顺便再搜集搜集磁碟，等待2周目有了强力装备后在与之一搏。
下面为那些对自己水中行动力有足够信心的玩家放出4个开关的位置。
经过前两个开关后，需要让潜水艇在前面为zero撞开墙壁，在接下来的一间屋子里，zero到新arcadia的回收部队正对暗妖精进行攻击，无奈之下其只好控制了其中一名队员。这时建议各位在画面左侧进行攻击，这样只要垂直跳跃就可以躲避敌人释放出的光线，敌人没有HP的显示，大概5、6个蓄力攻击就可以将之搞定。
走出房间后，玩家必须以非常快的速度按下第三个开关，否则潜水艇会乘机跑到zero前面，这时候要么放弃，要么损HP楞冲过去。所以建议一出房间便蓄力，能躲开的敌人都要回避才行。
BOSS 冻葬之死兔チルドレ@イナラビッタ
BOSS的动作很快，所以不要离他太近，这里因为玩家之前造成的不同水位，BOSS的攻击方式也会有些许改变。比如完全处于水中的时候，则需要用剑砍掉飞弹，而水位低的时候只要趴在墙上就可以了。飞弹一般是4个一组，所以不要用三连斩，一下一下地攻击最好。此外，BOSS的跳跃距离非常远，而且速度快，推荐从其身体下面冲刺过去，如果BOSS从墙壁跑到画面外的话，请仔细听其发出的声音，如果有“啊”的一声，就表示他会朝着zero一头撞下来，需要用冲刺回避，而BOSS与地面撞击后还会使冰块飞散，不过空隙很大，也可以用剑砍掉。
作战结束，虽然成功击退了新arcadia的回收部队，但由于暗妖精的速度太快，导致失去了追查线索。
MISSION 兵器再生工厂
作战内容 工厂破坏
反抗组织发现了新arcadia的兵器再生工厂，比起重新制造，直接修理被破坏的兵器显得经济有效得多，而且最近该工厂的兵器生产率达到了原先的2倍以上，如果破坏成功的话将大副降低新arcadia的军事力量。
战斗开始，通讯方面会告知zero该工厂有着十分严密的防御控制系统，工厂内各处都设有监视摄象器，被发现的话会招致攻击。虽然游戏中没有电子干扰手雷这种道具，但摄象器同样会有左顾右盼的时候。这关就顺带让zero过一把[MGS]的瘾吧。
本关的老鼠着实烦人，一出就是一窝，一窝一般4只，就像战前一关BOSS释放的飞弹一样消灭它们即可。在躲避铁锤的同时，也可以用冲击护棍的蓄力攻击击打其，从而破坏墙壁取得物品。至于本关有些暴露在外面的电线，这里提醒各位尽量以蓄力攻击打暴它们，因为这种东西仿佛具有生命一样，不但自己会断开弹到地上，还能自动翻山越岭地寻找zero。
本关的小BOSS是一个电子蜂巢，打法多种多样，一般是使用剑的蓄力攻击，但巢穴放出蜜蜂的位置着实让人恼火，有些卡位致使zero无法起跳，其实这里还有一个办法，就是利用冲击护棍的蓄力来击打蜜蜂，击种后蜜蜂会反弹回巢穴从而造成伤害。还有就是尽量不要触碰到超越喷射出来的机油，否则将会很难控制。
BOSS 死神恸暝ヘルバット@シルト
该BOSS的行动很有规律性，一般是采取幻影→实体→幻影→实体的方式进行攻击，所以利用蓄力攻击的玩家要注意，一定要确定出现的是否是BOSS的实体。
当BOSS向四周释放能量光环的时候，其正下相对安全，需要注意的是这些光环遇到墙壁会反弹回来，到时候跳跃还是冲刺躲避就要按照当时的情况具体分析。这里建议将战场尽量挪至整个房间的系统屏蔽，这样反弹回来的光圈也比较有规律。BOSS此外的攻击方式都是针对下方位置的，尤其是当其缓慢下降到时，一定要在第一时间冲刺到BOSS身后，因为接下来其释放的大批机械蝙蝠是不会给玩家留下死角的。还有就是BOSS头朝下释放的光柱，会在地面上向四周扩散，虽然间隔时间长，而且判定也比较小，但这里切忌大跳跃，因为半空中瞬移的BOSS身体仍旧会对玩家造成伤害。
作战结束，兵器再生工厂停运。
MISSION 旧弃居住区
作战内容 追查暗妖精
隶属反抗组织的调查部队传回的消息，有目击者声称在此地段见到暗妖精出现。然而不知为何系统无法对此地带进行检索，因此需要zero直接进行实地调查。
抵达该区域后，通讯方面会提醒zero，对于覆盖于建筑表层的植物，可以用炎属性蓄力攻击产生出的高热进行烧毁，从而减轻作战难度，还可打通一些被植物阻挡住的道路，这里推荐一种更加方便的方法，就是之前提到过的剑系必杀↑+B，比蓄力要来得快得多。此外，本关还有一些石块是可以用冲击护棍进行破坏的，虽然不是什么必经之路，但可以得到磁碟。
来到一处房间内，zero发现了两个小电子妖精，仿佛是在寻找妈妈（暗妖精）的样子，虽然很快便飘走了，但基地通过zero随身携带的检测装置，探测出这两只妖精的能量反映，与之前希艾尔研究的BABY妖精的情况完全吻合（[rockman zero2的剧情]），通话最后，希艾尔提出要zero试着保护BABY妖精的要求。
随后的虫状小BOSS其实只有一侧会释放子弹攻击，其钻出地面来时会有很明显的震动和粉尘，可以提前躲避到画面的另一侧，其有效部位也只有身体中心的晶体，所以建议使用蓄力攻击，7下就可做掉。
来到BOSS处，zero得知原来巴依鲁也在寻找BABY妖精，虽然不知道要用他们来做什么，但至少不会是对反抗组织有利的事，况且还受到了希艾尔的特别嘱托。然而可惜的是小妖精们对zero并没有什么好感，而且仿佛曾经与zero交战过，还说道：“你这家伙又来欺负妈妈了，不过现在可跟100年前不一样，你只不过是个冒牌货……”显然，带孩子的功夫还是对方略胜一筹，连哄带吓唬地将两只小妖精骗走后，敌人向zero举起了“死神之镰”。
BOSS 杀刃祈祷师デスタンツ@マンティスク
该人造机械原本是拷问行刑之用，特征就是其巨大的身体和两只被别人称为“死神之镰”的臂膀。这里笔者想提醒大家，以后的攻略中还将出现很多类似这样拥有较大体型的BOSS，其有效判定很小，而攻击判定却很广，所以尽量不要离这类BOSS太近，尤其是在他们背后进行攻击的时候，BOSS原地转个身都有可能对zero造成伤害。
该BOSS同样属于攻击速度快但破绽大的类型。需要注意的是其趴在墙壁上的攻击方式，投掷回旋镖可以用普通跳躲避，而从墙壁上冲下来的凶砍则是左右两次，躲避方法是用冲刺跟随其到所趴墙壁的一侧。破绽比较大的是其向天空射击的那一招，此时只要爬上墙壁可安全躲避，但如果见BOSS背后还有空间，还可以在墙壁上利用大跳至其身后虐杀之。另外，还要注意其起跳后的落脚点，如果落在墙壁上的话则可以放心地跟过去，但如果是地面的话则一定要远离。
房间内，巴依鲁许诺给予两只小妖精新的力量和身体，原来是要将他们带回新arcadia。可惜zero来迟一步，妖精的能量反应瞬间脱离了zero身上携带用器材的检测范围。
新arcadia内，哈尔比亚向复制X提出了他对巴依鲁的质疑，无论如何无法让他相信一个曾经制造悲剧的野心家。
复制X则从调查中得知，当年对巴依鲁的流放是没有经过正确的法律程序的，并且相信他的回归可以成为新arcadia复兴的起点。此时巴依鲁回来报告情况，并表示发现暗妖精出现在新arcadia的Z-3079层，哈尔比亚立刻意识到该层目前还有人类居住，如果让巴依鲁进行回收的话，想必又是一场屠戮，虽然其立刻自荐去负责本次的工作，但最终复制X还是将军事权完全交付巴依鲁掌管，并露骨地说出已经无法容忍哈尔比亚等人的无能以及他们对人类抱有的仁慈。
MISSION
反抗组织基地内，系统检测到巨大导弹即将发射的情报，可以确认导弹上产生出奥米加的能量反映。在zero传送终了的同时，系统已经成功推测出导弹的目标，以及该层产生出的暗妖精的能量反映。
导弹发射基地内，除了有位置比较高的摄象器外，还有一种庞大的锅状敌人，里面飞出的敌人行动速度非常快，建议在其真正启动之前用蓄力攻击一击全部击毁。在抵达导弹发射架的同时，导弹正好处于点火状态，zero只有跳上导弹阻止其前进。
在导弹尾端可进入其内部，而每经过一段后导弹都会进行脱节作业，所以一定要在外壳完全脱离前逃到主体才可以。
BOSS BABY妖精
该BOSS唯一的难点在于两个妖精都在空中不断地飘动，如果盲目攻击的话，很有可能使攻击落空。这里建议战斗刚开始时先攻击左侧的妖精之后冲刺到画面右侧，正好可以赶上左侧妖精的下落位置再进行攻击。至于BOSS的攻击方式，其实只要注意蓝色的妖精既可，其释放出的光球可以用大跳跃躲避，而橙色妖精泼洒的光点其实并不会对zero造成伤害，只是注意不要蹭上太多，否则便会难以行动。在造成一定的伤害后，两只妖精会进行合体，合体后只有一招攻击方式，需要注意光柱落到地板上同样会向两方扩散。
导弹直接命中目标，负伤的zero已经无力阻止暗妖精和奥米加的融合。随后赶到的哈尔比亚见到化为废墟的住宅区后勃然大怒，拔剑立刃于奥米加面前，而与暗妖精融合后，奥米加的力量似乎超越了2人想象，战局极其不利的情况下，希艾尔果断地作出连同哈尔比亚一起传送回基地的决定。
基地内，来自新arcadia的自信息强制切入，复制X通过画面向反抗组织宣布，新arcadia已经成功回收了暗妖精，从现在开始所有的争斗都会变得没有意义，但是希艾尔手中还有一样他们想获得的东西，那就是她的研究成果システマ@シエル，如果将之分解再与暗妖精重组，便可以顺利解决能源不足的问题，人与人造人之间的战争也会随之停止，同样，作为交换代价，可以保证希艾尔等人的安全。但也许是眼见新arcadia为了私欲牺牲众多人类生命的行为，希艾尔最终没有答应他们的要求。
Zero安慰希艾尔，说只有相信自己的选择才能够继续战斗下去，此时，系统对新arcadia检索成功，与新arcadia正式的战斗即将开始。
MISSION 夕暗之沙漠
作战内容 迎击新arcadia军
本关基本上没有什么难点，由于地形的问题，小BOSS显得比BOSS还难缠，但还好其攻击力并不高，后面遇到的飞机也可以击落。
BOSS アヌビステップ@ネクロマンセス５世
玩过[rockman zero1]的朋友肯定对他并不陌生，经过2代的历练，该BOSS仍旧毫无长进，攻击方式和原来一样，投掷手杖，召唤死者两项攻击的漏洞都很大，惟独其潜入沙地后的攻击，变得非常快，要提前起跳。这里告诉第一次攻略本系列游戏的玩家，从沙地冲出现的石像本身并没有任何攻击判定，只是相互撞击时才会产生，所以可以利用石像当垫脚石躲避该攻击，最后一轮，石像是出现在画面以外，要么算好提前量起跳，要么打开GBA的声音听到“滋啦”一声起跳即可。
MISSION 阿纳特雷森林
作战内容 迎击新arcadia军
本关初的森林地带中，上方的树叶可以用炎属性攻击烧毁，之后会出现一些高空中的平台，笔者认为走上面要比走下面安全的多。进入设施内部，有些墙壁是需要踩住开关后才会移动的，移动后墙壁会复位，所以通过时请尽量抓紧时间。其实，设施内有一种石块是可以被冲击护棍的蓄力攻击强制移动的，多用这些东西压住开关要安全得多。另外，设施墙壁上的那些炮台会自我修复，觉得麻烦得话建议使用盾牌来抵挡子弹。
BOSS ハヌマシ?ンR
同样是出自[rockman zero1]的BOSS，灵活性要大大高于前一关，攻略它的关键在于对地板的破坏，利用冲击护棍击破地板使其掉进比zero低的位置时，它就会疯狂地左右乱撞，直到把该层所有的石块撞毁，而也只有这时它的行动才有规律可寻。另外，他自己的变身火球攻击也会击破地板，只是之前较难躲避，所以尽量要先发制人。不，是只猴……
本关推荐将枪械设置成副武器，以便攻击BOSS放出来的小兵，如果看到BOSS蓄力的话，请立即向返方向冲刺躲避，它的蓄力攻击不但伤害高，而且判定也很远。
MISSION 极地前线基地
作战内容 迎击新arcadia军
如果拿到了可以在水面上跳跃的靴子，那么本关推荐使用，陆上相对于水下安全得多。在设施内则要小心摇摇欲坠的冰凌，不过这种冰凌很脆弱，都是一剑就碎。还有一种经常在房顶爬来爬去的蜘蛛，其发射的光球落地后会弹射开，如果没有十足的把握还是不要靠前为好。
BOSS ブリザック@スタグロフR
还是[rockman zero1]里的BOSS，攻击方式改变不大。当头部射出冰凌时尽量靠近它就可以回避，还可以乘机攻击。其大跳跃的同时一般会放出两颗冰球，落地后冰球不会消失，玩家应该第一时间清除它们，否则触碰到的话不但会损HP，还会被冻成冰块。另外它放射出的冷冻光线分两种，一种中间夹杂着雪花，这种光线没有攻击判定，但是蹭到雪花后动作会严重减缓，而另一种中间夹杂的是冰凌，这种则有攻击判定，而且其释放这种光线时，对面的墙壁上会出现冰刺，而且变得无法攀爬，所以只要其释放光线，就应该在第一时间内爬到较高的位置躲避。
MISSION X-2区域
作战内容 侵入新arcadia
本关难度明显加强，但没有什么需要特别说明的地方，无非是考验玩家的跳跃技巧。有些升降机上不能停留过长，笔者的办法就是干脆趴在升降机旁边以便观察接下来的路线。
来到新arcadia最上层，复制X仿佛是在等待zero的到来一样，并质问他为什么要助纣为虐，成为那些恐怖份子的战力，并声称新arcadia已经拥有压倒性的力量，全人类都希望进早消灭这些反叛军以便早日迎来和平。Zero反问他究竟从对人类的杀戮中得到了什么？把希艾尔等人称为恐怖分子，莫非新arcadia的杀戮行为就是正义的象征么？
BOSS 复制X MK2
复制X会在三种不同属性下来回变换，这里最好不要用蓄力攻击，而且千万不要离他太远。当他身体呈现出蓄力状态的时候一定要在第一时间攻击其以解除该状态，而不要调头逃跑。复制X受到一定伤害后会跳到一旁恢复HP，此时的他是无敌判定。还有，对其一轮攻击结束后最好不要继续追击，若见其向后方小跳跃的话，那么就是要使用冲刺攻击。
复制X败下阵后便呼唤巴依鲁，要利用奥米加攻击zero，此时，真正的X出现，不过依旧是以电子妖精的形式，告知自己的复制品，巴依鲁已经舍弃了新arcadia基地，带着奥米加去了别的地方。发觉自己被利用后，复制X恼羞成怒，决定二次变身，只可惜其不是本次游戏的最终BOSS，没有变身的特权。
原来巴依鲁早就遇见到会有此一天，在复活复制X的同时也对起身体动了手脚，原本就没有完全回复的身体无法承受巨大的能量，随着复制X的野心一起消散了。此时，巴依鲁通过通讯向全新arcadia报告复制X被“嗜血英雄zero”杀害的消息，并声称将接替其位置完成其遗志，彻底剿灭反叛组织。
复制X的确是一位强大的敌人，但是跟巴依鲁的阴险相比，他更值得敬畏。伴随着蛊惑人心的演说，X推测其定是要重现100年前妖精战争的悲剧。临走时X提到了奥米加，还闪烁其词，对zero说“重要的不是身体，而是心”等话，并表示，等事情到那一步会将全部告诉zero。究竟100年前发身了什么？
反抗组织基地内，系统将分析主体转移至巴依鲁本身，其经过或正在建造的区域显示于屏幕上。
MISSION 能源设施
作战内容 设施调查
本关设施内有一种电源开关，多是出现在灯光灰暗的房间内，利用雷电属性攻击开关可以打开电灯，而设施内那种类似蝴蝶状的敌人全部会被吸引到灯光处去，蝴蝶落下的粉尘没有攻击判定。在设施的中心部会见到核心装置，将柱型核心周围的部分全部推进去即可通过，后面还有一处类似的地方，只是会多出一些防御设施来而已。
随后会到达小BOSS处，它的攻击事实上非常简单，只有两招，只是该房间的布置太过凌乱，容易让玩家产生判断失误。当起中心显示出蓝色状态的时候，站在图片中的位置可以用蓄力攻击直接命中，而显示出红色时则需要玩家在两个移动平台上躲避。
最里侧的房间内，zero发现新arcadia正在对暗妖精进行复制，素材则是BABY妖精，随后这里的守护者赶到。
BOSS 百念之狐毒キュ?ビット@フォクスタ?
尽量不要使用蓄力攻击，因为BOSS的攻击判定非常快而且广。有些招数完成后会有很长时间硬直，到时候再进攻也不晚。
当她跳跃到屏幕正中心的时候会向天空中放射火焰，分两次，火焰落地后还会燃烧一段时间，不过第一次的空隙较大可以带其落地后再跳到墙壁上。BOSS退至版边时放射的火球速度相当快，推荐攀登墙躲避。BOSS悬浮在半空中放射的旋转火焰速度很快，这种情况时玩家可以在前两组火焰过后跳至画面系统屏蔽，再垂直跳跃躲避三组即可。
还有一个比较麻烦的是BOSS会分身成5个火球，分散的时候可以用冲刺先到画面中心，待5个火球开始旋转的时候随便朝一侧移动，因为最下层的火球是逆时针旋转，而中层的是顺时针，所以2者交错的时候会有一个小空隙可以让玩家迅速攀爬到墙壁上。
战斗结束，战败的BOSS告诉zero，她自身正是这台作业中机械的能源来源，她的毁灭会带来这里一切的覆灭，也就是说，能够证明巴依鲁进行试验的证据会全数消失。又是一个手法极端的信念型牺牲者。
MISSION 雪原
作战内容 数据回收
游戏序章时的雪原，反抗军在那里调查坠落宇宙船的同时遇到了新arcadia军并发生冲突，推测为巴依鲁企图回收并利用宇宙船内的数据资料从而优化奥米加。
本关内有一种手持链锤高速移动的士兵，击落他们后可以乘坐他们脚下的滑板，这里强力推荐利用此办法，速度快而且没什么威胁，又可以取得磁碟，只是这种滑版只要启动便会按照一个方向行进，所以到断崖时要注意跳跃。
经过2段滑行后会遇到小BOSS，该BOSS原来在沙漠的流沙地带遇到过，不过这次要相对简单的多，不但没有从空中飞来的小敌人捣乱，而且利用蓄力炎属性攻击可以制止其攻击，安全系数100%，不过攻击时不要太着急，要待其身体完全钻出地面且成弧形时攻击才会有效。
随后一直是下坡路，某些断崖对面有会释放飞行敌人的举行机械，同时还需要注意不时冲刺过来的蜜蜂。抵达山脚下的宇宙船时，zero发现新arcadia军已经占领了这里，自称是雪原之王的BOSS本着先到先得的原则将zero比喻为欲盗窃新arcadia重要数据的小偷。
BOSS超球冰霸王グラチャ-@レ@カクタンク
该BOSS的行动缓慢，但不要因为其这一弱点就靠他太近，近身状态下，他会用拳头攻击zero，虽然可以用冲刺躲避，但多半也会撞到对方身上，还有拳头在收回的过程中也有攻击判定，相当麻烦。BOSS的大跳跃比较烦人，会在zero头上突然停止并下落，同时造成巨大的震动使悬在房顶的冰凌坠下。另外其悬挂在房顶时会抛出一些冰碴，之间的空隙很大但并不代表死角，冰碴的距离不是渐远就是渐近，也算有规律可寻。总提来说算很简单的BOSS，推荐属性蓄力攻击。
MISSION 浸水图书馆
作战内容 资料回收
旧世纪，还是习惯用纸张来记载资料的时代，有关于奥米加的大量文献保存于这个图书馆，馆内发现新arcadia的资料回收部队。
本关的主要难点在于上下浮动的水位，在最高水位时会接通强电流，若此时还在水中的话则会受到强力攻击。此时要借助水面上的一种乌龟形状的敌人为垫脚石，只要攻击其头部，哪怕是微弱的枪击都会使其翻过身来。
经过一段跳跃前进之后会找到暴露在外的电线，不过这种电线本身是没有攻击判定的，跨越过电线地段后会再遇到一个需要利用敌人踮脚才能通过的水域，不过打到这里玩家通常会被误导，其实只要站在第一个敌人身上后，抓住降水位的机会从水下迅速前进就会在通电之前到达安全地带，若一味地依靠敌人只有被击毙的份儿。
到达控制室后，通讯方面会告知需要回收四本文献，分别是关于巴依鲁，关于奥米加，关于暗妖精和关于妖精战争四个方面。文献分别藏于接下来的资料室中，由于房间众多，建议事先在控制室的电脑前进行查询（中心位置按↑），之后系统会告诉zero相应文献所存放的位置，分别在2层2号房间，2层3号房间，3层4号房间和3层5号房间（房间号是左至右的计算顺序）。其他房间内则有芯片等道具，有兴趣的玩家可以试着寻找。由于在zero找到最后一份文献的同时会进入BOSS战，所以建议大家最后去2层2号或3层4号，这两个房间的空间比较开阔，便于战斗。
BOSS 能鳗雷神ヴォルティ-ル@ビブリ-オ
该BOSS属于雷电属性，所以应用冰属性攻击，战斗间其会在房间上下左右的破洞间游走，此时BOSS的身体并没有攻击判定，随后要抓住其探头的瞬间进行攻击，提前蓄力的话时间刚好能够赶上。其释放出动光球会追逐zero，不过速度很慢，在水中zero的跳跃高度会加大，正好借此躲避攻击。躲避尾部释放的光线，虽然BOSS跟前是死角，但并不推荐，因为距离其过近会导致触手攻击。还有其给墙壁通电的招数，四周没有安全垫脚的地方，此时其实只要一个跳跃，在落地前通电就会结束。
MISSION 大型电梯
作战内容 设施调查
本关开头并没有什么难点，但到达电梯后，两侧会源源涌出带护甲的敌人，推荐用冲击护棍的蓄力攻击，命中后就算不被推下电梯也是一击毙。消灭一定数量的敌人后，会出现小BOSS，他的撞击攻击是不会在电梯上给zero留下落脚地的，所以只有跳出电梯范围后在拉回来，回旋镖则可以用冲刺回避。其实用护棍的蓄力攻击，装备那种可以缩短蓄力时间的头盔，可以在不让其出招的情况下做掉。
随后电梯上还将有大批敌人涌入，比较棘手的是一种人形士兵，他们的攻击会将zero直接打出电梯外。这时建议大家装备可以2段跳的靴子，即使被击飞后还可在空中通过跳跃改变方向，庆幸的是这种敌人防御并不高，所以还是在其攻击前就解决掉得好。
BOSS 咬哭之守护トレテスタ@ケルベリアン
本关BOSS体型庞大，所以尽量不要靠近并且应采取判定较大的蓄力攻击。其垂直跳跃后会带回可投掷用的道具，若是钢管的话，墙壁的尽头角落为死角，当然如果距离墙壁过远则钢管不会对zero造成威胁，如果投掷的是箱子的话，BOSS身前为死角，但箱子落地后应立即跳到上面去，随后BOSS会进行撞击，此时可乘机逃走，每次攻击结束后要迅速撤离至安全距离，这样如果BOSS释放光球则会很容易进行回避。
唯一比较麻烦的是BOSS关门放狗的招数，而且由于BOSS位置的不同，狗的落脚点也会有所改变，第一只狗的跳跃高度比较高，所以不用担心，而第二只则需要zero利用冲刺进行回避。如果BOSS身处整个战场的系统屏蔽地段，那么狗还会跳回BOSS面前，所以攻击时间不要过长，若zero身版边，那么第二只狗跳回来的时候仍旧需要冲刺回避，只有在BOSS身处版边的时候，进行一次回避就可以冲到其面前进行砍杀。
回到基地，希艾尔告诉zero，目前正在对回收的大量数据进行分析，大概需要一些时间，建议他去看看哈尔比亚的情况。在控制室右边的房间内，zero见到清醒过来的哈尔比亚，而对方却因为得到了敌人的救助而显得异常愤怒。眼见新arcadia成为毁灭人类的道具，哈尔比亚不顾自己未愈伤，愤愤地离开反抗组织寻找巴依鲁去了。此时穿来了控制室的呼叫。
回收资料的分析已经出来了，（回控制室后要选择与希艾尔对话“话をする”）希艾尔告诉zero，虽然没有找到巴依鲁现在的位置但是对妖精战争有了大部分的了解。irregular（无法律）战争结束的时代，曾将大量的电子妖精投入使用，所以后世也称这场战争为妖精战争，特别是被称为暗妖精的超大型精灵和作为其复制品的BABY妖精，使用的人造人战力大幅度提升，从而造成了人类历史上最惨痛的战争悲剧。暗妖精投入使用后四年，战争结束，全人类失去了60%的同胞，而人造人只剩下不到战争前数量的10%。现在的巴依鲁正试图利用BABY妖精来再次复苏当时战争时的技术，而之前zero发现的复制工厂肯定是用来进行此项研究的。
说到此处，两旁的传送人员处突然穿来了阵阵阴笑，zero立刻意识到这是巴依鲁所为，画面中，称赞希艾尔进行了如此深入的调查，但其表示现在已经完成了对奥米加的改造，BABY妖精对他来说已经没用了。随后，巴依鲁表现出了对曾经共同放逐他的人类与人造人极度的厌恶，其毁灭人类，奴役全部人造人的野望将在奥米加的强大力量下实现。此时，基地内部众多意识不清的士兵向zero和希艾尔举起了武器。千钧一发之际，真正的X出现于基地内并击倒了这些士兵，说他们只是被暗妖精的力量所影响，清醒后便会恢复原本的意识。
X告知zero，现在巴依鲁与奥米加都在新arcadia的地下深处，从那里将暗妖精的力量散播到整个世界中，不单是人类，所有的人造人也已经受其支配，能够幸免的恐怕只有他与zero而已。X没有实体，虽然无法参战，但可以保护基地内人类意识不受暗妖精影响，至于对付奥米加的任务，最终还是要靠zero来完成。
MISSION 新arcadia地下
本关唯一比较麻烦的是在一些移动平台间的跳跃，这里，zero的起点在整个区域的右上，目的地在右下方，平台上都有表示其移动方向的箭头，选择朝着大致方向移动的平台即可。
最深处的房间内，zero果然发现了巴依鲁的身影，复仇的欲望已经完全支配了巴依鲁本身，与其与zero战不如去欣赏人类在这个世界上最后的挣扎，临走时其唤出2只BABY妖精。
BOSS BABY妖精
再次与BABY妖精交战，经过上一次的战斗相信本战并不会太难，下面只对多出来的攻击方式进行解析。战斗间如果发现2只妖精推到画面外的话，表示其要进行旋转攻击，这时要站在场地，第一次的旋转并不会对这个位置造成伤害，随后用大跳跳至版边即可。另外，妖精合体后的攻击方式不在是释放光柱，而是通屏旋转，用大跳跃来进行躲避的同时还要注意合体后两侧多出来的光柱。
MISSION 废弃研究所
最新检索出的信息，巴依鲁与奥米加现在位于某废弃研究所内，该研究所是巴依鲁以前进行实验的地方，而且距离zero最初苏醒的地方非常近……
本关则是最后的BOSS连战，不过是曾经交过手的8个BOSS，这里不再多说，每打败一位BOSS后可以得到恢复道具。需要注意的是，在见最终BOSS前一定要做好准备，最终战分三次，中间没有任何回复机会，这里即使是有收集癖的人也要考虑使用电子妖精来回复……
最深处的房间内，巴依鲁正在享受统治世界而带来的快感，他认为无论人造人有多强，但毕竟都是出自人类之手，所以真正的统治者只能是人类，而人造人也无法体会统治所带来的激动心情。随后亮出最后的王牌--奥米加。
BOSS 奥米加
除了HP比第一次交战时多了以外几乎没什么变化，只是这次其身后的巨剑会攻击zero，需要注意的是巨剑第三次攻击时会产生很多碎石块，要么事先把巨剑引到版边，要么用2段跳来回避。
战过第一形态，奥米加与暗妖精合并后真正的力量将被解放，身躯巨大化，攻击方式也完全改变。其头部放出的巨大而且缓慢的光球其实是没有攻击判定的，即使被罩住也可以挣扎开。巨大炮口攻击前会有火花，用2段跳可以轻松回避，另外炮口还有一种通屏的攻击方式，由上至下，此时要提前到断崖处攀爬躲避。奥米加眼部射出的光线很快，但之前眼部会闪烁光芒，若站到版边的话，只有最靠后的眼部攻击时才会造成威胁。比较麻烦的是其释放出的一组光球，行动速度非常快，而且是跟随zero的方向。不过其每拐一次弯就会向下降一层，所以只要跳到其上面晃动一下即可摆脱它，当然2段跳是必须的。
巨大的身体在zero的猛烈攻击下变得支离破碎，坠落地面，zero发现这是当时他被希艾尔唤醒的地方，巴依鲁质问zero，凭什么那么肯定自己就是传说中的英雄，其实不过是一堆躺在废墟中的破铜滥铁，只是反抗组织的成员误认为这就是传说中的英雄罢了。
此时，废墟中矗立起一位和zero有着相同外貌的人造人，相信刚刚隐藏于奥米加庞大身躯下的就是他，巴依鲁声称面前这位才是真正的zero，而一直坚信自己就是英雄的其实是个复制品而已。
Zero质问面前的“自己”，为何对巴依鲁唯命侍从，而巴依鲁则代替其解释到，真正的zero是个嗜血的破坏神，只要能够战斗就足够了。
BOSS 破坏神奥米加
除了zero本身能做的全部攻击方式外，还加了很多华丽的必杀。枪械的蓄力攻击，在地面上的光球散发和空中的光刃散发都是在与其一定距离的情况下才会出现，前者很难进行回避，所以远距离下见其身上有蓄力光芒闪烁的时候就要用大跳跃或是2段跳逃到BOSS身后，躲避其余两招的时候建议冲刺到一定距离以外，可以使空隙变得分散。
BOSS冲刺后通常会使用与zero装备剑情况下“↑+攻击”相同的招数，如果有冲刺时处于无敌状态的靴子最好，没有的话就要考验玩家的反应了。在距离BOSS相当近的情况下，他会使用三连斩，或者在周围造成巨大的光柱，这两招收招时都是非常好的进攻机会，只是BOSS在版边的时候最好放弃攻击，因为即使受到攻击其也无法后退，这种距离下很容易遭到反击。最后就是BOSS持剑时的蓄力攻击，多半会出现在其受到一轮攻击以后，而造成的震动会导致很多石块的下落，如果见到有蓄力的迹象，应该立刻逃往开阔的一边。
暗妖精的力量超越了众人的想象，不过幸好X的到来仿佛解开暗妖精身上的诅咒，如同100年前一样，他与zero再次连手阻止了巴依鲁的野心。X告诉zero现在奥米加所用的，的确是zero原本的身体，不过这不能代表任何事情，因为属于zero的心只有一个。此时，暗妖精的力量比刚才略微减弱，若想彻底毁灭奥米加惟有现在摧毁面前这个躯体。而巴依鲁则试图说服zero，劝其不要在那种廉价躯体里度过一生，面对真正的抉择，zero最终选择站在了拯救世界的立场上，为了人类与人造人的未来，为了真正和平的到来，为了2周目时的强力记录，zero的剑最终划过了自己的身躯。
以精灵的形式存在了这么长时间，X要再一次进入休眠期了，临走时他告诉zero，虽然这个世界迎来了和平时期，但巴依鲁的威胁仍没有完全消失，人类与人造人的未来仍旧需要zero的守护。醒来后，zero发现已经身处反抗组织基地，希艾尔就在身边关切地注视着自己。
原来是暗妖精将其送回到基地，而现在的她已经完全没有原来那种邪恶诡异的感觉，温暖的光芒投射出的只有温柔。解除了巴依鲁的诅咒，这才是暗妖精。不，MOTHER妖精的本貌，100年的束缚对她来说太过残酷，所以希艾尔决定先让她这样无忧无虑地飘流一段时间。比起妖精来，zero的事情更令她担心，原来X也将zero身体的事情全数告诉了她，但也许是个巧合，她竟然也说出了和X相同的话来，zero的心只有一个，zero只有一个，而这位传说中的英雄，也终于对这位一直默默支持他的少女说出了那句久违的“谢谢”。
“我就是我，我就是zero。”
[基本操作]
A键：跳跃
B键：主武器攻击
B键按住：主武器蓄力攻击
L键：冲刺（配合方向键可）
L键+A键：大跳跃（墙壁上可）
R键+B键：副武器攻击
R键+B键按住：副武器蓄力攻击
技能解说：（左至右的顺序）
zero的技能是依靠通关后的评价而获得的，所以尽量将评价保持在A级或以上，否则有可能无法获得某些技能。
1、枪械蓄力攻击，子弹遇障碍物会反弹
2、附加雷电属性的枪械攻击，子弹会分散（蓄力可）
3、附加炎属性的枪械蓄力攻击，击中敌人后会产生爆炸
4、附加冰属性的枪械蓄力攻击，空中会结集三股冰凌
5、冲刺动作中的光剑攻击，短时间内可对敌人造成三段伤害（用这个扎一下BOSS大约是半行的HP）
6、光剑装备时，跳跃或空中下落时↓+攻击
7、光剑装备时，↑+攻击
8、光剑装备时，↓+攻击
9、冲击护棍装备时，连续攻击
10、冲击护棍装备时，↑+蓄力攻击
11、盾牌装备时，地形倾斜时的蓄力攻击（好似溜溜球）
12、盾牌装备时，↓+蓄力攻击
装备解说：（左至右的顺序）
zero的装备是依靠在游戏中获取磁碟而来的，所以在通关的同时也要留意磁碟的所在。
头盔类
1、缩短蓄力时间
2、自动蓄力
3、不动的状态下逐渐恢复HP
4、初期装备
盔甲类
1、间小受攻击时的硬直
2、不受地形限制（针对橡胶、流沙和踩踏后会塌陷的地段）
3、初期装备
4、武器附加雷电属性
5、武器附加冰属性
6、武器附加炎属性
靴子类
1、冲刺时会无视小体形敌人和子弹、飞弹等攻击方式的判定
2、2段跳
3、可在水面上跳跃
4、初期装备
5、拥有全部能力的靴子
6、延长趴墙时下落的时间
7、在冰面上不会打滑
8、移动速度UP
本作为[rockman zero]系列的第三部，而前两部也均登陆在GBA平台上。相信很多该系列游戏玩家都沉醉于zero挥剑砍杀时所带来的爽快感，而战斗系统也是一作比一作更加趋于简单人性化，比如本作就取消了武器升级系统，游戏开始武器便处于最佳状态，另外将装备分为头部、身体和足部也是本作才开始的新颖设定，装备的数量与多彩化是前两作所无法比拟的。剧情方面，为了照顾初次接触本系列的玩家朋友，在正式攻略开始前占用少量篇幅给以介绍。
[rockman zero]
在一次逃避新arcadia军队追击的途中，隶属反抗组织的科学家希艾尔找到了传说中的人造人英雄--zero并利用电子妖精的力量成功唤醒了沉睡已久的他。苏醒后的zero已经将之前发生的事情忘得一干二净，甚至不记得自己的名字，唯一记得的只有杀戮的手法。面对铺天盖地而来的人造军队，以及新arcadia的首领--复制版X，zero不得不成为反抗组织的战力。人类的希望再次寄托于这位传说的英雄身上，又一个崭新的传说即将开始。
[rockman zero2]
复制X倒在zero剑下的那一刻起，人类真正摆脱了来自新arcadia的恐惧，反抗组织也成为了一股强大的军事力量，但与此同时，能源的严重不足又成为了新的威胁。为了使人类能够生存于越发严酷的环境下，希艾尔全力致力于新能源的开发研究，反抗组织的领导权则完全交给了司令官--艾尔匹斯，身为人类的他却对力量有着极度过分的崇拜，最终导致了拥有毁灭世界之力的暗妖精苏醒。失去自我的艾尔匹斯成为了暗妖精的宿体，zero不得不再一次立剑于曾经的战友面前。
宿体的死亡并不能代表危机的结束，为了寻找上次大战中行方不明的暗妖精，时隔两个月，反抗组织再一次踏上战斗的旅程，在追寻的过程中，zero同样发现了新arcadia军的身影。
MISSION 序章
一次追查暗妖精的作战中，zero一行人来到了冰天雪地的极寒地带，新arcadia的警戒线处，zero为了确保希艾尔等人的安全，决定独自行动。
本关属于新人练手的训练关，从敌人和地形来说都没有什么难度，唯一比较难缠的敌人会于雪地中高速移动，保险的方法就是原地不动，待其钻出雪地便一剑砍掉。
跟随基地深处传来的隆隆声，zero在最深处见到了新arcadia中“四天王”的2位成员，而二人的处境仿佛并不乐观，一尊巨大的人造机械矗立在他们面前……
BOSS战 战斗人形オメガ
本关BOSS的攻击模式非常简单， BOSS头部释放的能量球都是三颗一组，攻击判定不是从远到近就是从近到远，而当其双手开始释放光圈时，建议各位玩家将注意力集中在停留于画面右侧的那只手上，低位置的攻击可以用普通跳跃躲避，而稍微高一些的则用冲刺闪避既可。
Zero强烈的攻击也只是让这庞大的机甲暂时停止了机能而已，僵持中，新arcadia的另一成员哈尔比亚（ハルピュイア）赶到，但还好不是为了与zero交战而来，其目的同样在于将这巨大的人造机械清理出工厂。谈话间，一个自称为巴依鲁（バイル）博士且拥有华丽的三角状脑袋的怪人出现，并声称是他回收了这款战斗机械--奥米加（オメガ）。这位在100前就被新arcadia流放的人对眼前的zero等人的情况了如指掌，而更令人难以置信的是，巴依鲁还使被zero击败的复制X复活。
复制X似乎并没有将zero放在眼里，其现在的精力完全投入在暗妖精的回收与奥米加身上，如果同时拥有这两者，灭绝人类的计划可以轻易实现。而至于反抗组织也在寻找暗妖精一事，复制X很兴奋地视之为一场竞赛，还很孩子气地说出：下次我绝对不会失手，因为我才是传说中的英雄。这样的话来，玩过第一作的玩家朋友肯定会起疑虑，真正的复制X并不是会像三流热血动画中反面人物一样，说出那么没水平的台词来的，所以不是其被巴依鲁操纵了就是复活后智商受到了严重的影响。
暗妖精的下落还没有任何头绪，现在又多出了复制X和奥米加这样的强敌，看来这次与新arcadia的战斗在所难免，巴依鲁临走时抛下了令zero很费解的话：“看你能用那身体支持多久……”莫非巴依鲁掌握着zero所失去的记忆？来不及多想，传送装置已经将迷惑中的英雄送回了反抗组织本部。
回到希艾尔身边后，大家制定出了初步的作战计划，奥米加成为新arcadia的战力已经成为不可扭转的事实，现在唯一的不确定因素在于暗妖精。程序开始检索所有暗妖精可能会出现的场所，利用这点时间可以在基地好好转转。最上层的了望台外可以找到磁碟，第五层是了望台入口，第四层右侧有CMD字样的房间为总控制室，室内与希艾尔对话可以记录或读取进度，控制室右侧的房间内经过对话可以得到磁碟，而塞尔文（セルヴォ）博士的房间位于控制室右，现在去找他可以得到两样新武器--回旋盾（シ?ルドブ?メラン）和冲击护棍（リコイルロッド）。下面楼层多是些房间，虽然与剧情没有直接关系，但建议没事的时候进行一次搜索。
与塞尔文博士对话后，控制室便会呼叫zero，系统的分析似乎已经结束，在控制室接受任务前一定要确定是否记录。（此时的4个任务可以自由选择，没有难度差异，笔者按照右至左的顺序进行攻略）
MISSION アクニス火山基地
作战内容 针对新arcadia战力探察
战斗开始时，通讯方面会告知zero基地内有大量能源反应，推测为巨大化的导弹，而该基地则有可能是新arcadia制造导弹的工厂。
本关初对于玩家最大的威胁是火山喷发后造成的石块，在躲避的同时还要顾及前方炮台的威胁，这里推荐大家对炮台使用蓄力攻击。此后则需要大家借助岩浆间歇的喷发来跳跃，唯一需要注意的是最后一个平台上不可停留太久，否则会被一击必杀。进入工厂后则由巨大的工业垃圾代替成为垫脚石，利用大跳跃可轻松通过。而比较麻烦的是BOSS战前面那段斜坡状的岩浆地带，在断口处跳跃时，一定不要跳在已经落入沿江中的垃圾上，而要选择其后面刚刚落下的那一块来踮脚。
另外，各位还可以利用冲击护棍的蓄力攻击推开障碍，还有一种背面有护甲的火焰喷射器，用蓄力攻击可将起打至反转，相当方便。
BOSS 曼佗罗火碎龙ブレイジン@フリザ?ド
本关BOSS的攻击硬直时间比较长，相反其招数之间的间隔将当短，所以建议各位抓住其攻击时候的破绽进行还击。BOSS攻击方式主要有三种，飞行道具，火焰喷射和火焰旋转喷发。见其跳跃到画面正中心且面向画面的时候肯定是要释放火焰旋转喷发，大家可以趴在墙壁上，利用短暂的下滑时间来躲避该攻击，飞行道具的速度比较快，所以只有提前站到死角中去，若BOSS在版边角落使用，那么对面的角落则成为死角，如果在画面系统屏蔽部分的话，画面角落的上方为死角。火焰喷射的速度较慢，爬墙躲避最佳，还可以在墙壁上用大跳跃移动至BOSS身后，BOSS的尾巴是可以砍掉的，不过很快会再生，有兴趣的玩家可以数数本关系统屏蔽砍掉多少条尾巴。作战成功，回到总部后由希艾尔那里得知，本次作战虽然无法阻止新arcadia的导弹量产，但是大大减缓了其制造速度。
MISSION 海上公路遗迹
作战内容 该遗址产生暗妖精能量反应
确认暗妖精的能量反应后，新arcadia也派遣了部队来此地段回收，在出发点，zero遇到了一只兔子状的人造人，没说上两句，对方便跳进潜水艇内。此时接到希艾尔的通讯，告知zero海底有使水位下挫的开关，可以通过改变水位来阻断那台潜水艇的进路，本关唯一的难点是在于如何才能抢在敌人前面踩下开关，如果晚到一步的话开关会被潜水艇破坏。但事实上无论是否按下开关，潜水艇照样会到达目的地，不同的是BOSS战时是否会处于水中。所以建议初次攻略该关卡的玩家不用太在意，不如跟在潜水艇后面，考察清楚开关的位置，顺便再搜集搜集磁碟，等待2周目有了强力装备后在与之一搏。
下面为那些对自己水中行动力有足够信心的玩家放出4个开关的位置。
经过前两个开关后，需要让潜水艇在前面为zero撞开墙壁，在接下来的一间屋子里，zero到新arcadia的回收部队正对暗妖精进行攻击，无奈之下其只好控制了其中一名队员。这时建议各位在画面左侧进行攻击，这样只要垂直跳跃就可以躲避敌人释放出的光线，敌人没有HP的显示，大概5、6个蓄力攻击就可以将之搞定。
走出房间后，玩家必须以非常快的速度按下第三个开关，否则潜水艇会乘机跑到zero前面，这时候要么放弃，要么损HP楞冲过去。所以建议一出房间便蓄力，能躲开的敌人都要回避才行。
BOSS 冻葬之死兔チルドレ@イナラビッタ
BOSS的动作很快，所以不要离他太近，这里因为玩家之前造成的不同水位，BOSS的攻击方式也会有些许改变。比如完全处于水中的时候，则需要用剑砍掉飞弹，而水位低的时候只要趴在墙上就可以了。飞弹一般是4个一组，所以不要用三连斩，一下一下地攻击最好。此外，BOSS的跳跃距离非常远，而且速度快，推荐从其身体下面冲刺过去，如果BOSS从墙壁跑到画面外的话，请仔细听其发出的声音，如果有“啊”的一声，就表示他会朝着zero一头撞下来，需要用冲刺回避，而BOSS与地面撞击后还会使冰块飞散，不过空隙很大，也可以用剑砍掉。
作战结束，虽然成功击退了新arcadia的回收部队，但由于暗妖精的速度太快，导致失去了追查线索。
MISSION 兵器再生工厂
作战内容 工厂破坏
反抗组织发现了新arcadia的兵器再生工厂，比起重新制造，直接修理被破坏的兵器显得经济有效得多，而且最近该工厂的兵器生产率达到了原先的2倍以上，如果破坏成功的话将大副降低新arcadia的军事力量。
战斗开始，通讯方面会告知zero该工厂有着十分严密的防御控制系统，工厂内各处都设有监视摄象器，被发现的话会招致攻击。虽然游戏中没有电子干扰手雷这种道具，但摄象器同样会有左顾右盼的时候。这关就顺带让zero过一把[MGS]的瘾吧。
本关的老鼠着实烦人，一出就是一窝，一窝一般4只，就像战前一关BOSS释放的飞弹一样消灭它们即可。在躲避铁锤的同时，也可以用冲击护棍的蓄力攻击击打其，从而破坏墙壁取得物品。至于本关有些暴露在外面的电线，这里提醒各位尽量以蓄力攻击打暴它们，因为这种东西仿佛具有生命一样，不但自己会断开弹到地上，还能自动翻山越岭地寻找zero。
本关的小BOSS是一个电子蜂巢，打法多种多样，一般是使用剑的蓄力攻击，但巢穴放出蜜蜂的位置着实让人恼火，有些卡位致使zero无法起跳，其实这里还有一个办法，就是利用冲击护棍的蓄力来击打蜜蜂，击种后蜜蜂会反弹回巢穴从而造成伤害。还有就是尽量不要触碰到超越喷射出来的机油，否则将会很难控制。
BOSS 死神恸暝ヘルバット@シルト
该BOSS的行动很有规律性，一般是采取幻影→实体→幻影→实体的方式进行攻击，所以利用蓄力攻击的玩家要注意，一定要确定出现的是否是BOSS的实体。
当BOSS向四周释放能量光环的时候，其正下相对安全，需要注意的是这些光环遇到墙壁会反弹回来，到时候跳跃还是冲刺躲避就要按照当时的情况具体分析。这里建议将战场尽量挪至整个房间的系统屏蔽，这样反弹回来的光圈也比较有规律。BOSS此外的攻击方式都是针对下方位置的，尤其是当其缓慢下降到时，一定要在第一时间冲刺到BOSS身后，因为接下来其释放的大批机械蝙蝠是不会给玩家留下死角的。还有就是BOSS头朝下释放的光柱，会在地面上向四周扩散，虽然间隔时间长，而且判定也比较小，但这里切忌大跳跃，因为半空中瞬移的BOSS身体仍旧会对玩家造成伤害。
作战结束，兵器再生工厂停运。
MISSION 旧弃居住区
作战内容 追查暗妖精
隶属反抗组织的调查部队传回的消息，有目击者声称在此地段见到暗妖精出现。然而不知为何系统无法对此地带进行检索，因此需要zero直接进行实地调查。
抵达该区域后，通讯方面会提醒zero，对于覆盖于建筑表层的植物，可以用炎属性蓄力攻击产生出的高热进行烧毁，从而减轻作战难度，还可打通一些被植物阻挡住的道路，这里推荐一种更加方便的方法，就是之前提到过的剑系必杀↑+B，比蓄力要来得快得多。此外，本关还有一些石块是可以用冲击护棍进行破坏的，虽然不是什么必经之路，但可以得到磁碟。
来到一处房间内，zero发现了两个小电子妖精，仿佛是在寻找妈妈（暗妖精）的样子，虽然很快便飘走了，但基地通过zero随身携带的检测装置，探测出这两只妖精的能量反映，与之前希艾尔研究的BABY妖精的情况完全吻合（[rockman zero2的剧情]），通话最后，希艾尔提出要zero试着保护BABY妖精的要求。
随后的虫状小BOSS其实只有一侧会释放子弹攻击，其钻出地面来时会有很明显的震动和粉尘，可以提前躲避到画面的另一侧，其有效部位也只有身体中心的晶体，所以建议使用蓄力攻击，7下就可做掉。
来到BOSS处，zero得知原来巴依鲁也在寻找BABY妖精，虽然不知道要用他们来做什么，但至少不会是对反抗组织有利的事，况且还受到了希艾尔的特别嘱托。然而可惜的是小妖精们对zero并没有什么好感，而且仿佛曾经与zero交战过，还说道：“你这家伙又来欺负妈妈了，不过现在可跟100年前不一样，你只不过是个冒牌货……”显然，带孩子的功夫还是对方略胜一筹，连哄带吓唬地将两只小妖精骗走后，敌人向zero举起了“死神之镰”。
BOSS 杀刃祈祷师デスタンツ@マンティスク
该人造机械原本是拷问行刑之用，特征就是其巨大的身体和两只被别人称为“死神之镰”的臂膀。这里笔者想提醒大家，以后的攻略中还将出现很多类似这样拥有较大体型的BOSS，其有效判定很小，而攻击判定却很广，所以尽量不要离这类BOSS太近，尤其是在他们背后进行攻击的时候，BOSS原地转个身都有可能对zero造成伤害。
该BOSS同样属于攻击速度快但破绽大的类型。需要注意的是其趴在墙壁上的攻击方式，投掷回旋镖可以用普通跳躲避，而从墙壁上冲下来的凶砍则是左右两次，躲避方法是用冲刺跟随其到所趴墙壁的一侧。破绽比较大的是其向天空射击的那一招，此时只要爬上墙壁可安全躲避，但如果见BOSS背后还有空间，还可以在墙壁上利用大跳至其身后虐杀之。另外，还要注意其起跳后的落脚点，如果落在墙壁上的话则可以放心地跟过去，但如果是地面的话则一定要远离。
房间内，巴依鲁许诺给予两只小妖精新的力量和身体，原来是要将他们带回新arcadia。可惜zero来迟一步，妖精的能量反应瞬间脱离了zero身上携带用器材的检测范围。
新arcadia内，哈尔比亚向复制X提出了他对巴依鲁的质疑，无论如何无法让他相信一个曾经制造悲剧的野心家。
复制X则从调查中得知，当年对巴依鲁的流放是没有经过正确的法律程序的，并且相信他的回归可以成为新arcadia复兴的起点。此时巴依鲁回来报告情况，并表示发现暗妖精出现在新arcadia的Z-3079层，哈尔比亚立刻意识到该层目前还有人类居住，如果让巴依鲁进行回收的话，想必又是一场屠戮，虽然其立刻自荐去负责本次的工作，但最终复制X还是将军事权完全交付巴依鲁掌管，并露骨地说出已经无法容忍哈尔比亚等人的无能以及他们对人类抱有的仁慈。
MISSION
反抗组织基地内，系统检测到巨大导弹即将发射的情报，可以确认导弹上产生出奥米加的能量反映。在zero传送终了的同时，系统已经成功推测出导弹的目标，以及该层产生出的暗妖精的能量反映。
导弹发射基地内，除了有位置比较高的摄象器外，还有一种庞大的锅状敌人，里面飞出的敌人行动速度非常快，建议在其真正启动之前用蓄力攻击一击全部击毁。在抵达导弹发射架的同时，导弹正好处于点火状态，zero只有跳上导弹阻止其前进。
在导弹尾端可进入其内部，而每经过一段后导弹都会进行脱节作业，所以一定要在外壳完全脱离前逃到主体才可以。
BOSS BABY妖精
该BOSS唯一的难点在于两个妖精都在空中不断地飘动，如果盲目攻击的话，很有可能使攻击落空。这里建议战斗刚开始时先攻击左侧的妖精之后冲刺到画面右侧，正好可以赶上左侧妖精的下落位置再进行攻击。至于BOSS的攻击方式，其实只要注意蓝色的妖精既可，其释放出的光球可以用大跳跃躲避，而橙色妖精泼洒的光点其实并不会对zero造成伤害，只是注意不要蹭上太多，否则便会难以行动。在造成一定的伤害后，两只妖精会进行合体，合体后只有一招攻击方式，需要注意光柱落到地板上同样会向两方扩散。
导弹直接命中目标，负伤的zero已经无力阻止暗妖精和奥米加的融合。随后赶到的哈尔比亚见到化为废墟的住宅区后勃然大怒，拔剑立刃于奥米加面前，而与暗妖精融合后，奥米加的力量似乎超越了2人想象，战局极其不利的情况下，希艾尔果断地作出连同哈尔比亚一起传送回基地的决定。
基地内，来自新arcadia的自信息强制切入，复制X通过画面向反抗组织宣布，新arcadia已经成功回收了暗妖精，从现在开始所有的争斗都会变得没有意义，但是希艾尔手中还有一样他们想获得的东西，那就是她的研究成果システマ@シエル，如果将之分解再与暗妖精重组，便可以顺利解决能源不足的问题，人与人造人之间的战争也会随之停止，同样，作为交换代价，可以保证希艾尔等人的安全。但也许是眼见新arcadia为了私欲牺牲众多人类生命的行为，希艾尔最终没有答应他们的要求。
Zero安慰希艾尔，说只有相信自己的选择才能够继续战斗下去，此时，系统对新arcadia检索成功，与新arcadia正式的战斗即将开始。
MISSION 夕暗之沙漠
作战内容 迎击新arcadia军
本关基本上没有什么难点，由于地形的问题，小BOSS显得比BOSS还难缠，但还好其攻击力并不高，后面遇到的飞机也可以击落。
BOSS アヌビステップ@ネクロマンセス５世
玩过[rockman zero1]的朋友肯定对他并不陌生，经过2代的历练，该BOSS仍旧毫无长进，攻击方式和原来一样，投掷手杖，召唤死者两项攻击的漏洞都很大，惟独其潜入沙地后的攻击，变得非常快，要提前起跳。这里告诉第一次攻略本系列游戏的玩家，从沙地冲出现的石像本身并没有任何攻击判定，只是相互撞击时才会产生，所以可以利用石像当垫脚石躲避该攻击，最后一轮，石像是出现在画面以外，要么算好提前量起跳，要么打开GBA的声音听到“滋啦”一声起跳即可。
MISSION 阿纳特雷森林
作战内容 迎击新arcadia军
本关初的森林地带中，上方的树叶可以用炎属性攻击烧毁，之后会出现一些高空中的平台，笔者认为走上面要比走下面安全的多。进入设施内部，有些墙壁是需要踩住开关后才会移动的，移动后墙壁会复位，所以通过时请尽量抓紧时间。其实，设施内有一种石块是可以被冲击护棍的蓄力攻击强制移动的，多用这些东西压住开关要安全得多。另外，设施墙壁上的那些炮台会自我修复，觉得麻烦得话建议使用盾牌来抵挡子弹。
BOSS ハヌマシ?ンR
同样是出自[rockman zero1]的BOSS，灵活性要大大高于前一关，攻略它的关键在于对地板的破坏，利用冲击护棍击破地板使其掉进比zero低的位置时，它就会疯狂地左右乱撞，直到把该层所有的石块撞毁，而也只有这时它的行动才有规律可寻。另外，他自己的变身火球攻击也会击破地板，只是之前较难躲避，所以尽量要先发制人。不，是只猴……
本关推荐将枪械设置成副武器，以便攻击BOSS放出来的小兵，如果看到BOSS蓄力的话，请立即向返方向冲刺躲避，它的蓄力攻击不但伤害高，而且判定也很远。
MISSION 极地前线基地
作战内容 迎击新arcadia军
如果拿到了可以在水面上跳跃的靴子，那么本关推荐使用，陆上相对于水下安全得多。在设施内则要小心摇摇欲坠的冰凌，不过这种冰凌很脆弱，都是一剑就碎。还有一种经常在房顶爬来爬去的蜘蛛，其发射的光球落地后会弹射开，如果没有十足的把握还是不要靠前为好。
BOSS ブリザック@スタグロフR
还是[rockman zero1]里的BOSS，攻击方式改变不大。当头部射出冰凌时尽量靠近它就可以回避，还可以乘机攻击。其大跳跃的同时一般会放出两颗冰球，落地后冰球不会消失，玩家应该第一时间清除它们，否则触碰到的话不但会损HP，还会被冻成冰块。另外它放射出的冷冻光线分两种，一种中间夹杂着雪花，这种光线没有攻击判定，但是蹭到雪花后动作会严重减缓，而另一种中间夹杂的是冰凌，这种则有攻击判定，而且其释放这种光线时，对面的墙壁上会出现冰刺，而且变得无法攀爬，所以只要其释放光线，就应该在第一时间内爬到较高的位置躲避。
MISSION X-2区域
作战内容 侵入新arcadia
本关难度明显加强，但没有什么需要特别说明的地方，无非是考验玩家的跳跃技巧。有些升降机上不能停留过长，笔者的办法就是干脆趴在升降机旁边以便观察接下来的路线。
来到新arcadia最上层，复制X仿佛是在等待zero的到来一样，并质问他为什么要助纣为虐，成为那些恐怖份子的战力，并声称新arcadia已经拥有压倒性的力量，全人类都希望进早消灭这些反叛军以便早日迎来和平。Zero反问他究竟从对人类的杀戮中得到了什么？把希艾尔等人称为恐怖分子，莫非新arcadia的杀戮行为就是正义的象征么？
BOSS 复制X MK2
复制X会在三种不同属性下来回变换，这里最好不要用蓄力攻击，而且千万不要离他太远。当他身体呈现出蓄力状态的时候一定要在第一时间攻击其以解除该状态，而不要调头逃跑。复制X受到一定伤害后会跳到一旁恢复HP，此时的他是无敌判定。还有，对其一轮攻击结束后最好不要继续追击，若见其向后方小跳跃的话，那么就是要使用冲刺攻击。
复制X败下阵后便呼唤巴依鲁，要利用奥米加攻击zero，此时，真正的X出现，不过依旧是以电子妖精的形式，告知自己的复制品，巴依鲁已经舍弃了新arcadia基地，带着奥米加去了别的地方。发觉自己被利用后，复制X恼羞成怒，决定二次变身，只可惜其不是本次游戏的最终BOSS，没有变身的特权。
原来巴依鲁早就遇见到会有此一天，在复活复制X的同时也对起身体动了手脚，原本就没有完全回复的身体无法承受巨大的能量，随着复制X的野心一起消散了。此时，巴依鲁通过通讯向全新arcadia报告复制X被“嗜血英雄zero”杀害的消息，并声称将接替其位置完成其遗志，彻底剿灭反叛组织。
复制X的确是一位强大的敌人，但是跟巴依鲁的阴险相比，他更值得敬畏。伴随着蛊惑人心的演说，X推测其定是要重现100年前妖精战争的悲剧。临走时X提到了奥米加，还闪烁其词，对zero说“重要的不是身体，而是心”等话，并表示，等事情到那一步会将全部告诉zero。究竟100年前发身了什么？
反抗组织基地内，系统将分析主体转移至巴依鲁本身，其经过或正在建造的区域显示于屏幕上。
MISSION 能源设施
作战内容 设施调查
本关设施内有一种电源开关，多是出现在灯光灰暗的房间内，利用雷电属性攻击开关可以打开电灯，而设施内那种类似蝴蝶状的敌人全部会被吸引到灯光处去，蝴蝶落下的粉尘没有攻击判定。在设施的中心部会见到核心装置，将柱型核心周围的部分全部推进去即可通过，后面还有一处类似的地方，只是会多出一些防御设施来而已。
随后会到达小BOSS处，它的攻击事实上非常简单，只有两招，只是该房间的布置太过凌乱，容易让玩家产生判断失误。当起中心显示出蓝色状态的时候，站在图片中的位置可以用蓄力攻击直接命中，而显示出红色时则需要玩家在两个移动平台上躲避。
最里侧的房间内，zero发现新arcadia正在对暗妖精进行复制，素材则是BABY妖精，随后这里的守护者赶到。
BOSS 百念之狐毒キュ?ビット@フォクスタ?
尽量不要使用蓄力攻击，因为BOSS的攻击判定非常快而且广。有些招数完成后会有很长时间硬直，到时候再进攻也不晚。
当她跳跃到屏幕正中心的时候会向天空中放射火焰，分两次，火焰落地后还会燃烧一段时间，不过第一次的空隙较大可以带其落地后再跳到墙壁上。BOSS退至版边时放射的火球速度相当快，推荐攀登墙躲避。BOSS悬浮在半空中放射的旋转火焰速度很快，这种情况时玩家可以在前两组火焰过后跳至画面系统屏蔽，再垂直跳跃躲避三组即可。
还有一个比较麻烦的是BOSS会分身成5个火球，分散的时候可以用冲刺先到画面中心，待5个火球开始旋转的时候随便朝一侧移动，因为最下层的火球是逆时针旋转，而中层的是顺时针，所以2者交错的时候会有一个小空隙可以让玩家迅速攀爬到墙壁上。
战斗结束，战败的BOSS告诉zero，她自身正是这台作业中机械的能源来源，她的毁灭会带来这里一切的覆灭，也就是说，能够证明巴依鲁进行试验的证据会全数消失。又是一个手法极端的信念型牺牲者。
MISSION 雪原
作战内容 数据回收
游戏序章时的雪原，反抗军在那里调查坠落宇宙船的同时遇到了新arcadia军并发生冲突，推测为巴依鲁企图回收并利用宇宙船内的数据资料从而优化奥米加。
本关内有一种手持链锤高速移动的士兵，击落他们后可以乘坐他们脚下的滑板，这里强力推荐利用此办法，速度快而且没什么威胁，又可以取得磁碟，只是这种滑版只要启动便会按照一个方向行进，所以到断崖时要注意跳跃。
经过2段滑行后会遇到小BOSS，该BOSS原来在沙漠的流沙地带遇到过，不过这次要相对简单的多，不但没有从空中飞来的小敌人捣乱，而且利用蓄力炎属性攻击可以制止其攻击，安全系数100%，不过攻击时不要太着急，要待其身体完全钻出地面且成弧形时攻击才会有效。
随后一直是下坡路，某些断崖对面有会释放飞行敌人的举行机械，同时还需要注意不时冲刺过来的蜜蜂。抵达山脚下的宇宙船时，zero发现新arcadia军已经占领了这里，自称是雪原之王的BOSS本着先到先得的原则将zero比喻为欲盗窃新arcadia重要数据的小偷。
BOSS超球冰霸王グラチャ-@レ@カクタンク
该BOSS的行动缓慢，但不要因为其这一弱点就靠他太近，近身状态下，他会用拳头攻击zero，虽然可以用冲刺躲避，但多半也会撞到对方身上，还有拳头在收回的过程中也有攻击判定，相当麻烦。BOSS的大跳跃比较烦人，会在zero头上突然停止并下落，同时造成巨大的震动使悬在房顶的冰凌坠下。另外其悬挂在房顶时会抛出一些冰碴，之间的空隙很大但并不代表死角，冰碴的距离不是渐远就是渐近，也算有规律可寻。总提来说算很简单的BOSS，推荐属性蓄力攻击。
MISSION 浸水图书馆
作战内容 资料回收
旧世纪，还是习惯用纸张来记载资料的时代，有关于奥米加的大量文献保存于这个图书馆，馆内发现新arcadia的资料回收部队。
本关的主要难点在于上下浮动的水位，在最高水位时会接通强电流，若此时还在水中的话则会受到强力攻击。此时要借助水面上的一种乌龟形状的敌人为垫脚石，只要攻击其头部，哪怕是微弱的枪击都会使其翻过身来。
经过一段跳跃前进之后会找到暴露在外的电线，不过这种电线本身是没有攻击判定的，跨越过电线地段后会再遇到一个需要利用敌人踮脚才能通过的水域，不过打到这里玩家通常会被误导，其实只要站在第一个敌人身上后，抓住降水位的机会从水下迅速前进就会在通电之前到达安全地带，若一味地依靠敌人只有被击毙的份儿。
到达控制室后，通讯方面会告知需要回收四本文献，分别是关于巴依鲁，关于奥米加，关于暗妖精和关于妖精战争四个方面。文献分别藏于接下来的资料室中，由于房间众多，建议事先在控制室的电脑前进行查询（中心位置按↑），之后系统会告诉zero相应文献所存放的位置，分别在2层2号房间，2层3号房间，3层4号房间和3层5号房间（房间号是左至右的计算顺序）。其他房间内则有芯片等道具，有兴趣的玩家可以试着寻找。由于在zero找到最后一份文献的同时会进入BOSS战，所以建议大家最后去2层2号或3层4号，这两个房间的空间比较开阔，便于战斗。
BOSS 能鳗雷神ヴォルティ-ル@ビブリ-オ
该BOSS属于雷电属性，所以应用冰属性攻击，战斗间其会在房间上下左右的破洞间游走，此时BOSS的身体并没有攻击判定，随后要抓住其探头的瞬间进行攻击，提前蓄力的话时间刚好能够赶上。其释放出动光球会追逐zero，不过速度很慢，在水中zero的跳跃高度会加大，正好借此躲避攻击。躲避尾部释放的光线，虽然BOSS跟前是死角，但并不推荐，因为距离其过近会导致触手攻击。还有其给墙壁通电的招数，四周没有安全垫脚的地方，此时其实只要一个跳跃，在落地前通电就会结束。
MISSION 大型电梯
作战内容 设施调查
本关开头并没有什么难点，但到达电梯后，两侧会源源涌出带护甲的敌人，推荐用冲击护棍的蓄力攻击，命中后就算不被推下电梯也是一击毙。消灭一定数量的敌人后，会出现小BOSS，他的撞击攻击是不会在电梯上给zero留下落脚地的，所以只有跳出电梯范围后在拉回来，回旋镖则可以用冲刺回避。其实用护棍的蓄力攻击，装备那种可以缩短蓄力时间的头盔，可以在不让其出招的情况下做掉。
随后电梯上还将有大批敌人涌入，比较棘手的是一种人形士兵，他们的攻击会将zero直接打出电梯外。这时建议大家装备可以2段跳的靴子，即使被击飞后还可在空中通过跳跃改变方向，庆幸的是这种敌人防御并不高，所以还是在其攻击前就解决掉得好。
BOSS 咬哭之守护トレテスタ@ケルベリアン
本关BOSS体型庞大，所以尽量不要靠近并且应采取判定较大的蓄力攻击。其垂直跳跃后会带回可投掷用的道具，若是钢管的话，墙壁的尽头角落为死角，当然如果距离墙壁过远则钢管不会对zero造成威胁，如果投掷的是箱子的话，BOSS身前为死角，但箱子落地后应立即跳到上面去，随后BOSS会进行撞击，此时可乘机逃走，每次攻击结束后要迅速撤离至安全距离，这样如果BOSS释放光球则会很容易进行回避。
唯一比较麻烦的是BOSS关门放狗的招数，而且由于BOSS位置的不同，狗的落脚点也会有所改变，第一只狗的跳跃高度比较高，所以不用担心，而第二只则需要zero利用冲刺进行回避。如果BOSS身处整个战场的系统屏蔽地段，那么狗还会跳回BOSS面前，所以攻击时间不要过长，若zero身版边，那么第二只狗跳回来的时候仍旧需要冲刺回避，只有在BOSS身处版边的时候，进行一次回避就可以冲到其面前进行砍杀。
回到基地，希艾尔告诉zero，目前正在对回收的大量数据进行分析，大概需要一些时间，建议他去看看哈尔比亚的情况。在控制室右边的房间内，zero见到清醒过来的哈尔比亚，而对方却因为得到了敌人的救助而显得异常愤怒。眼见新arcadia成为毁灭人类的道具，哈尔比亚不顾自己未愈伤，愤愤地离开反抗组织寻找巴依鲁去了。此时穿来了控制室的呼叫。
回收资料的分析已经出来了，（回控制室后要选择与希艾尔对话“话をする”）希艾尔告诉zero，虽然没有找到巴依鲁现在的位置但是对妖精战争有了大部分的了解。irregular（无法律）战争结束的时代，曾将大量的电子妖精投入使用，所以后世也称这场战争为妖精战争，特别是被称为暗妖精的超大型精灵和作为其复制品的BABY妖精，使用的人造人战力大幅度提升，从而造成了人类历史上最惨痛的战争悲剧。暗妖精投入使用后四年，战争结束，全人类失去了60%的同胞，而人造人只剩下不到战争前数量的10%。现在的巴依鲁正试图利用BABY妖精来再次复苏当时战争时的技术，而之前zero发现的复制工厂肯定是用来进行此项研究的。
说到此处，两旁的传送人员处突然穿来了阵阵阴笑，zero立刻意识到这是巴依鲁所为，画面中，称赞希艾尔进行了如此深入的调查，但其表示现在已经完成了对奥米加的改造，BABY妖精对他来说已经没用了。随后，巴依鲁表现出了对曾经共同放逐他的人类与人造人极度的厌恶，其毁灭人类，奴役全部人造人的野望将在奥米加的强大力量下实现。此时，基地内部众多意识不清的士兵向zero和希艾尔举起了武器。千钧一发之际，真正的X出现于基地内并击倒了这些士兵，说他们只是被暗妖精的力量所影响，清醒后便会恢复原本的意识。
X告知zero，现在巴依鲁与奥米加都在新arcadia的地下深处，从那里将暗妖精的力量散播到整个世界中，不单是人类，所有的人造人也已经受其支配，能够幸免的恐怕只有他与zero而已。X没有实体，虽然无法参战，但可以保护基地内人类意识不受暗妖精影响，至于对付奥米加的任务，最终还是要靠zero来完成。
MISSION 新arcadia地下
本关唯一比较麻烦的是在一些移动平台间的跳跃，这里，zero的起点在整个区域的右上，目的地在右下方，平台上都有表示其移动方向的箭头，选择朝着大致方向移动的平台即可。
最深处的房间内，zero果然发现了巴依鲁的身影，复仇的欲望已经完全支配了巴依鲁本身，与其与zero战不如去欣赏人类在这个世界上最后的挣扎，临走时其唤出2只BABY妖精。
BOSS BABY妖精
再次与BABY妖精交战，经过上一次的战斗相信本战并不会太难，下面只对多出来的攻击方式进行解析。战斗间如果发现2只妖精推到画面外的话，表示其要进行旋转攻击，这时要站在场地，第一次的旋转并不会对这个位置造成伤害，随后用大跳跳至版边即可。另外，妖精合体后的攻击方式不在是释放光柱，而是通屏旋转，用大跳跃来进行躲避的同时还要注意合体后两侧多出来的光柱。
MISSION 废弃研究所
最新检索出的信息，巴依鲁与奥米加现在位于某废弃研究所内，该研究所是巴依鲁以前进行实验的地方，而且距离zero最初苏醒的地方非常近……
本关则是最后的BOSS连战，不过是曾经交过手的8个BOSS，这里不再多说，每打败一位BOSS后可以得到恢复道具。需要注意的是，在见最终BOSS前一定要做好准备，最终战分三次，中间没有任何回复机会，这里即使是有收集癖的人也要考虑使用电子妖精来回复……
最深处的房间内，巴依鲁正在享受统治世界而带来的快感，他认为无论人造人有多强，但毕竟都是出自人类之手，所以真正的统治者只能是人类，而人造人也无法体会统治所带来的激动心情。随后亮出最后的王牌--奥米加。
BOSS 奥米加
除了HP比第一次交战时多了以外几乎没什么变化，只是这次其身后的巨剑会攻击zero，需要注意的是巨剑第三次攻击时会产生很多碎石块，要么事先把巨剑引到版边，要么用2段跳来回避。
战过第一形态，奥米加与暗妖精合并后真正的力量将被解放，身躯巨大化，攻击方式也完全改变。其头部放出的巨大而且缓慢的光球其实是没有攻击判定的，即使被罩住也可以挣扎开。巨大炮口攻击前会有火花，用2段跳可以轻松回避，另外炮口还有一种通屏的攻击方式，由上至下，此时要提前到断崖处攀爬躲避。奥米加眼部射出的光线很快，但之前眼部会闪烁光芒，若站到版边的话，只有最靠后的眼部攻击时才会造成威胁。比较麻烦的是其释放出的一组光球，行动速度非常快，而且是跟随zero的方向。不过其每拐一次弯就会向下降一层，所以只要跳到其上面晃动一下即可摆脱它，当然2段跳是必须的。
巨大的身体在zero的猛烈攻击下变得支离破碎，坠落地面，zero发现这是当时他被希艾尔唤醒的地方，巴依鲁质问zero，凭什么那么肯定自己就是传说中的英雄，其实不过是一堆躺在废墟中的破铜滥铁，只是反抗组织的成员误认为这就是传说中的英雄罢了。
此时，废墟中矗立起一位和zero有着相同外貌的人造人，相信刚刚隐藏于奥米加庞大身躯下的就是他，巴依鲁声称面前这位才是真正的zero，而一直坚信自己就是英雄的其实是个复制品而已。
Zero质问面前的“自己”，为何对巴依鲁唯命侍从，而巴依鲁则代替其解释到，真正的zero是个嗜血的破坏神，只要能够战斗就足够了。
BOSS 破坏神奥米加
除了zero本身能做的全部攻击方式外，还加了很多华丽的必杀。枪械的蓄力攻击，在地面上的光球散发和空中的光刃散发都是在与其一定距离的情况下才会出现，前者很难进行回避，所以远距离下见其身上有蓄力光芒闪烁的时候就要用大跳跃或是2段跳逃到BOSS身后，躲避其余两招的时候建议冲刺到一定距离以外，可以使空隙变得分散。
BOSS冲刺后通常会使用与zero装备剑情况下“↑+攻击”相同的招数，如果有冲刺时处于无敌状态的靴子最好，没有的话就要考验玩家的反应了。在距离BOSS相当近的情况下，他会使用三连斩，或者在周围造成巨大的光柱，这两招收招时都是非常好的进攻机会，只是BOSS在版边的时候最好放弃攻击，因为即使受到攻击其也无法后退，这种距离下很容易遭到反击。最后就是BOSS持剑时的蓄力攻击，多半会出现在其受到一轮攻击以后，而造成的震动会导致很多石块的下落，如果见到有蓄力的迹象，应该立刻逃往开阔的一边。
暗妖精的力量超越了众人的想象，不过幸好X的到来仿佛解开暗妖精身上的诅咒，如同100年前一样，他与zero再次连手阻止了巴依鲁的野心。X告诉zero现在奥米加所用的，的确是zero原本的身体，不过这不能代表任何事情，因为属于zero的心只有一个。此时，暗妖精的力量比刚才略微减弱，若想彻底毁灭奥米加惟有现在摧毁面前这个躯体。而巴依鲁则试图说服zero，劝其不要在那种廉价躯体里度过一生，面对真正的抉择，zero最终选择站在了拯救世界的立场上，为了人类与人造人的未来，为了真正和平的到来，为了2周目时的强力记录，zero的剑最终划过了自己的身躯。
以精灵的形式存在了这么长时间，X要再一次进入休眠期了，临走时他告诉zero，虽然这个世界迎来了和平时期，但巴依鲁的威胁仍没有完全消失，人类与人造人的未来仍旧需要zero的守护。醒来后，zero发现已经身处反抗组织基地，希艾尔就在身边关切地注视着自己。
原来是暗妖精将其送回到基地，而现在的她已经完全没有原来那种邪恶诡异的感觉，温暖的光芒投射出的只有温柔。解除了巴依鲁的诅咒，这才是暗妖精。不，MOTHER妖精的本貌，100年的束缚对她来说太过残酷，所以希艾尔决定先让她这样无忧无虑地飘流一段时间。比起妖精来，zero的事情更令她担心，原来X也将zero身体的事情全数告诉了她，但也许是个巧合，她竟然也说出了和X相同的话来，zero的心只有一个，zero只有一个，而这位传说中的英雄，也终于对这位一直默默支持他的少女说出了那句久违的“谢谢”。
“我就是我，我就是zero。”
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