鳜鱼病害防治分成二个阶段，第一阶段为鱼苗发塘（体长10厘米以前）阶段，特别是2-4厘米阶段，要注意防治车轮虫、斜管虫和细菌性烂鳃病，要特别保持水质良好。第二阶段是成鱼养殖阶段，当鳜鱼长到10厘米以后，主要预防细菌性病害和寄生性病害。

⒈纤毛虫病：主要寄生于鳜鱼体表、鳍部和鳃部，寄生种类主要为车轮虫、斜管虫。该病蔓延迅速，寄生数量少时对鱼体活动影响不大；寄生数量多时，鱼苗口不能合上，且不肯进食。游动失去平衡，在水面呈翻滚状，继而死亡。该病危害极大。
防治方法：甲醛20PPM兑水全池泼洒。

⒉锚头鳋病：此病发生于鳜鱼夏花和成鱼养殖的各阶段。鱼体被铁锚虫头部钻入的部位，其周围组织常发炎红肿，继而组织坏死。夏花和鱼种培育过程中此病尤为严重。一条幼鱼，鱼体上寄生2-4个锚头鳋， 就可引起死亡。成鱼感染此病，使鱼体瘦弱，失去食用价值，严重时出现大量死亡。
防治方法：
⑴每亩每公尺水深用"强效灭虫精"或"敌鱼虫"化水全池均匀泼洒（鳜鱼对敌百虫敏感，防治鱼病时禁用晶体敌百虫）。
⑵若是饵料鱼的鱼体上寄生有锚头鳋可用20PPM"高锰酸钾"溶液浸洗15分钟，然后投喂。

⒊大中华鳋：此病发生在鳜鱼夏花培育过程中，患有此病的鳜鱼夏花可见鳃上挂着像乳白色的小蛆，这是大中华鳋的雌虫。
防治方法：同锚头鳋。

⒋鱼虱：鱼体表有虱样虫体附着，鱼虱在鱼体表撕咬，使鱼躁动不安，吃食量下降，体质消瘦，生长停顿。
防治方法：同锚头鳋。

⒌指环虫：指环虫寄生在鱼类的鳃部、病鱼体质消瘦，体色发黑，在夏花及成鱼阶段均有发生，死亡率较高。
防治方法：此虫用一般杀虫剂效果较差，可用无锡产"杀虫王"化水全池泼洒，此药36小时见效，48小时指环虫全部死亡。

⒍细菌性烂鳃：每亩每公尺水深用"强氯精"0.27公斤或用"漂粉精"0.33公斤化水全池均匀泼洒。严重时可间隔一天，重复使用一次。

⒎肠炎或出血病：在成鱼养殖阶段，常发生由饲料鱼将病原体带入，引起鳜鱼发病的情况。患细菌性疾病的饲料鱼被鳜鱼摄食后，鳜鱼易出现肠道发炎、肛门红肿、外翻（肠炎）或体表局部发炎、肝脏及肾脏带菌（出血病）等症状，是较难治疗的。鳜鱼发病后，其治疗要从杜绝病原体着手：
⑴首先将鳜鱼池和饲料鱼池的水体予以消毒，清除水体和鱼体体表及鳃部的病菌。水体消毒可用"强氯精"0.4PPM（或用0.5PPM"漂粉精"）化水全池泼洒，间隔一天重复一次。
⑵其次是给饲料鱼投以药饵。一则是对有病的饲料鱼给予治疗，二则是让饲料鱼吞食药饵后再被鳜鱼吞食，使鳜鱼间接服药得以治疗。由于是间接服药，所以药饵配制时的用药量是常规用药量的3－4倍，使饲料鱼吞服后本身成为一颗药饵。如用"鱼复宁"，常规是每25kg饲料加一袋药，而在制鳜鱼的药饵时，每7kg左右饲料加一袋药。药饵制作方法如下：
①用麦粉50％、菜饼50％，拌匀；
②药水配制法：按饲料量的65％称取一定量的水，再按饲料量加入药物， 待药物溶解成药水后拌入饲料中，用手搓或用脚踩成块，一小时后投喂（一般要求在下午四时左右投喂，因鳜鱼在傍晚捕食最凶，饲料吞食药饵后刚好被鳜鱼吞食）。