几千年来，一个古老的银河共和国以其广袤的疆域和悠久的历史存在于宇宙的一隅，由首府克洛桑最高议会中来自不同星球的议员共同管理着。共和国的守护者们称为绝地武士，长久以来，他们用原力与光剑悍卫着银河的和平。
随着共和国的强盛，其统治中心也不可避免地滋生了阴暗面。一个西斯(曾被绝地评议会认为已经消亡的邪恶组织，代表着原力的黑暗一面)勋爵达斯·西迪亚斯混入了最高议会，并开始了颠覆活动。在其授意下，实力强盛的贸易联邦悍然出兵和平星球纳布，欲胁持纳布星女王、参议员帕德美·阿米达拉。
绝地评议会得知后立即派出绝地武士魁刚·金及其弟子奥比·旺·克诺比调查此事。在纳布星，两人在沼泽土著冈加人加加·宾克斯的帮助下，救出了帕德美。
在逃离纳布时，他们的飞船被炮火击中，迫降在沙漠行星塔图因。为帮助魁刚一行人购买所须的飞船配件，年仅十岁的奴隶阿纳金·天行者参加飞车大赛并取得了胜利，同时也为自己赢得了自由。魁刚认定这正是预言中能为原力带来平衡的“选中者”，便决定带他离开塔图因。临时前，他们意外遭遇了另一个勋爵——达斯·西迪亚斯之徒——达斯·莫尔的袭击。
一行人回到克洛桑。但绝地评议会的尤达与温督等大师认为阿纳金不适合接受绝地训练。魁刚只得暂时将阿纳金留在身边。
帕德美欲寻求最高议会的支持未果，对议长瓦洛兰提出弹赅动议。随后，原议员帕尔帕丁当选议长。但后者仍无意出兵支援纳布。
帕德美只得在魁刚与克诺比的保护下重返纳布，并与沼泽土著冈加人结成联盟。
纳布草原上，冈加人与贸易联邦的机器人军团展开大战；帕德美则亲率卫队直取贸易联邦首脑驻地；空中，纳布皇家空军强攻重兵把守的机器人控制舰。
达斯·莫尔再次出现，并在斗剑中刺死了魁刚，但最终死于克诺比的剑下。阿纳金驾驶战机击毁了机器人控制舰，致使贸易联邦一溃千里。
魁刚的葬礼之后，绝地评议会根据其遗愿，同意克诺比收阿纳金为徒。
故事发生在《星战前传：魅影危机》后的第10年，此时银河系正处于一片混乱和动荡之中。在变节的杜库伯爵（克里斯托弗·李）策动下，有几千个太阳星系决定一起脱离银河系共和国独立，然而银河系共和国还不具备足够的军事实力来镇压这些分离主义份子，在武力不足的状况下，银河系共和国联合议会决定组成临时军队攻打分离主义份子，而其中的一名议员，也就是纳波星球前任女王阿米达拉（娜塔丽·波特曼）却力排众意，极力反对这种以暴力对抗暴力的策略，因为这会引发银河系内大规模的争斗和屠戮，但并不是每个人都同意阿米达拉维护和平的决心，于是不断有人密谋刺杀阿米达拉以达到自己不可告人的目的。
此时已经升任为杰迪武士老师的奥比王（伊万·麦格雷戈）派出他的徒弟天行者阿纳金（海登·克里斯滕森），负责保护阿米达拉的安全。在《星战前传》里还是十来岁小男孩的阿纳金，此时已成长成英俊挺拔、身手不凡的少年。在护送阿米达拉前往安全避难所的路途中，一种青涩而微妙的感情开始在两个年轻人心里滋生，这种感情无疑将会动摇阿米达拉一向以天下为己任的处事态度，也将会挑战阿纳金作为杰迪武士必须恪遵的“无怒、无憎、无情”的不二誓言……
与此同时，为了彻查星际冲突的根源，奥比王冒着生命危险深入到遥远的海底世界，他发现，这个一向被认为是蛮荒之地的区域已被人秘密开发，无数的克隆人试验正在紧锣密鼓地实行，这一切甚至可能影响银河共和国的未来命运，星际战争已经箭在弦上，一触即发……
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