明、清时期有所记载的古琴流派除江、浙两派外，还有蜀派、闽派、中州派、广陵派、虞山派等。
浙派流传到明、清时所编撰的主要琴谱有：朱权的《神奇秘谱》三卷共六十三曲；黄献辑的《梧冈琴谱》收四十二曲；萧鸾撰辑的《杏庄太音补遗》三卷共七十二曲；胡文焕撰辑的《文会堂琴谱》六卷，其中一、二、三卷为论琴，四、五、六卷为琴谱，共六十八曲。
明末清初以严溅徵为代表，在传统浙派基础上创立了著名的虞山派，也称熟派、琴川派。虞山派在演奏风格上要求“清、微、淡、远”，徐（谷共）的理论著作《（奚谷）山琴况》阐述了演奏上的风格要求，代表了这一学派的美学思想。该派弟子云集，风行天下，影响极广，主要琴谱有：严徵撰辑的《松弦馆琴谱》收二十八曲；徐（谷共）撰辑《大还阁琴谱》共三十一曲；陈（邕佳）撰辑的《松风阁琴谱》二卷现存十一曲；云志高撰辑《蓼怀堂琴谱》收三十三曲；汪天荣撰辑的《德音堂琴谱》十卷，其中五至十卷为琴谱收三十六曲；鲁鼐撰辑的《琴谱析微》八卷共三十二曲；程允基撰辑的《诚一堂琴谱》六卷三十六曲；苏（王景）撰辑《春草堂琴谱》六卷二十八曲；周显祖撰辑的《琴谱谐声》六卷，其中四至六卷为琴谱，收二十六曲三十二谱；蒋文勋撰辑《二香琴谱》十卷，其中卷七至卷十琴谱审音，共三十曲。虞山派代表曲目有《洞天春晓》《潇湘水云》《汉宫秋》《普庵咒》《乌夜啼》《雉朝飞》《阳春》等。
到清初徐常遇创立了广陵派，其演奏风格现虞山派相近，因此，两派传谱互通演奏。广东省陵派主要琴谱有：徐常遇撰辑的《澄鉴堂琴谱》收三十七曲；徐琪撰辑《五知斋琴谱》收三十三曲；吴（火工）撰辑的《自远堂琴谱》收九十三曲；秦维翰撰辑《蕉庵琴谱》共收三十二曲；僧空尘撰辑《枯木禅琴谱》收三十二曲。广陵派的代表曲目有《梅花三弄》《平沙落雁》《樵歌》《龙翔操》《墨子悲丝》等。
江派的主要琴谱有：谢雪峰撰辑的《谢氏太古遗音》收三十五曲；杨表正撰辑《重修正文对音捷要真传琴大全》收一百O五曲；杨抡撰辑《杨氏太古遗音》收三十四曲；杨抡撰辑的《伯牙心法》收二十九曲；张廷玉撰辑《理性元雅》共收七十二曲；庄臻凤撰辑《琴学心声谐谱》收十四曲。
目前所存古琴谱包括刻本、稿本和有完整体系的转录本达一百五十多种其中不同标题的琴曲有七百多，如果包括同曲的各种不同版本便有琴曲三千多首。
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